Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31 tháng 12 năm 2013 hướng dẫn thi hành một số điều của Luật thuế giá trị gia tăng và nghị định số 209/2013/NĐ-CP.

Thông tư này có hiệu lực thi hành từ ngày 01 tháng 01 năm 2014, thay thế Thông tư số 06/2012/TT-BTC ngày 11/01/2012 và Thông tư số 65/2013/TT-BTC ngày 17/5/2013 của Bộ Tài chính.

Đối với trường hợp từ ngày 1/7/2013, cơ sở kinh doanh thực hiện khai thuế GTGT theo quý thì đến trước kỳ tính thuế tháng 1/2014 (đối với trường hợp kê khai theo tháng) hoặc trước kỳ tính thuế quý 1/2014 (đối với trường hợp kê khai theo quý), cơ sở kinh doanh được hoàn thuế GTGT nếu trong 3 kỳ tính thuế liên tục có số thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết.

Trường hợp trước kỳ tính thuế tháng 1/2014 (đối với trường hợp kê khai theo tháng) hoặc trước kỳ tính thuế quý 1/2014 (đối với trường hợp kê khai theo quý), các cơ sở kinh doanh đủ điều kiện được hoàn thuế theo hướng dẫn tại Thông tư số 06/2012/TT-BTC ngày 11/1/2012, Thông tư số 65/2013/TT-BTC ngày 17/5/2013 của Bộ Tài chính thì được hoàn thuế GTGT theo hướng dẫn của Thông tư số 06/2012/TT-BTC và Thông tư số 65/2013/TT-BTC nêu trên.

Trường hợp đến hết kỳ tính thuế tháng 12/2013 (đối với trường hợp kê khai theo tháng) hoặc đến hết kỳ tính thuế quý 4/2013 (đối với trường hợp kê khai theo quý), cơ sở kinh doanh chưa đủ 3 kỳ tính thuế liên tục có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết thì số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết không được hoàn của năm 2013 được chuyển tiếp sang năm 2014 để kê khai khấu trừ và áp dụng hoàn thuế theo hướng dẫn tại Khoản 1 Điều 18 Thông tư này.

Đối với hóa đơn GTGT mua hàng hóa là tài sản cố định phát sinh trước ngày 01/01/2014 thì cơ sở kinh doanh thực hiện khấu trừ theo hướng dẫn tại Thông tư số 06/2012/TT-BTC ngày 11/1/2012 và Thông tư số 65/2013/TT-BTC ngày 17/5/2013 của Bộ Tài chính; đối với hóa đơn GTGT mua hàng hóa là tài sản cố định phát sinh kể từ ngày 01/01/2014 thì cơ sở kinh doanh thực hiện khấu trừ theo hướng dẫn tại Thông tư này.

 Đối với hóa đơn GTGT mua hàng hóa là sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thuỷ sản chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường phát sinh trước ngày 01/01/2014 thì đề nghị Cục thuế yêu cầu các cơ sở kinh doanh thực hiện kê khai tại Bảng kê hàng hóa dịch vụ mua vào theo Tờ khai thuế GTGT của kỳ tính thuế tháng 12 năm 2013 hoặc quý 4 năm 2013 để nộp cho cơ quan thuế theo thời hạn quy định.