Thông tư này thay thế Thông tư số 324/2016/TT-BTC ngày 21/12/2016 của Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định Hệ thống Mục lục ngân sách nhà nước đã được sửa đổi, bổ sung tại Thông tư số 93/2019/TT-BTC ngày 31/12/2019, Thông tư số 51/2022/TT-BTC ngày 11/08/2022, Thông tư số 84/2024/TT-BTC ngày 26/11/2024 và Điều 3 Thông tư số 41/2025/TT-BTC ngày 16/6/2025 của Bộ trưởng Bộ Tài chính; các mã chương trình, mục tiêu, dự án do địa phương quyết định đã được Bộ Tài chính cấp mã số, được sử dụng mã số đã được cấp.