Thông tư số 06/2012/TT-BTC ngày 11 tháng 01 năm 2012 hướng dẫn thi hành một số điều luật của luật thuế giá trị gia tăng, hướng dẫn thi hành nghị định số 123/2008/NĐ-CP và nghị đinh số 121/2011/NĐ-CP.

Thông tư này có hiệu lực thi hành từ ngày Nghị định số 121/2011/NĐ-CP ngày 27/12/2011 của Chính phủ có hiệu lực (ngày 01 tháng 3 năm 2012), thay thế Thông tư số 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 và Thông tư số 112/2009/TT-BTC ngày 02/6/2009 của Bộ Tài chính.

Đối với hợp đồng chuyển nhượng bất động sản ký với khách hàng từ ngày 01/01/2009 đến trước ngày 01/3/2012, thời điểm thu tiền lần đầu từ ngày 01/01/2009 và được thực hiện trước ngày 01/3/2012, nếu số tiền đã thu được không thấp hơn 20% tổng giá thanh toán của hợp đồng chuyển nhượng bất động sản, giá đất được trừ vẫn áp dụng theo Thông tư số 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 và các văn bản hướng dẫn của Bộ Tài chính.

Đối với hợp đồng chuyển nhượng bất động sản ký với khách hàng trước ngày 01/3/2012 nhưng thời điểm thu tiền lần đầu sau ngày 01/3/2012 hoặc số tiền thu được trước ngày 01/3/2012 nhỏ hơn 20% tổng giá thanh toán của hợp đồng chuyển nhượng bất động sản, giá đất được trừ áp dụng theo quy định tại Nghị định số 121/2011/NĐ-CP của Chính phủ và hướng dẫn tại Thông tư này.

Bãi bỏ nội dung hướng dẫn tạm hoàn 90% thuế GTGT đầu vào đối với hàng hoá xuất khẩu đã làm xong thủ tục hải quan kể từ ngày 01/01/2012, đang trong thời gian chưa được phía nước ngoài thanh toán qua ngân hàng theo hợp đồng xuất khẩu tại Thông tư số 94/2010/TT-BTC ngày 30/6/2010 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện hoàn thuế GTGT đối với hàng hoá xuất khẩu.

Việc giải quyết hoàn tiếp 10% thuế GTGT còn lại (của các hồ sơ đã giải quyết tạm hoàn 90% thuế GTGT nêu trên) và các nộp dung khác vẫn thực hiện theo hướng dẫn tại Thông tư số 94/2010/TT-BTC của Bộ Tài chính.

Các Thông tư khác còn hiệu lực của Bộ Tài chính hướng dẫn về thuế GTGT vẫn có hiệu lực thi hành.